《大侦探皮卡丘（国语版）》讲述了年轻男主角蒂姆·古德曼在父亲哈利神秘失踪后，意外结识了一只会说话、性格幽默的宝可梦——皮卡丘。两人联手展开调查，揭开一系列扑朔迷离的谜团，解开父亲失踪背后的真相。

故事背景设定在未来的雷顿市，这座城市充满了人类与宝可梦共存的现代化生活场景，但却隐藏着不为人知的阴暗秘密。蒂姆和皮卡丘在调查过程中，逐渐发现涉及整个城市乃至宝可梦界的巨大阴谋，面对各种险恶势力的阻挠。

皮卡丘以其机智幽默和侦探直觉成为影片的灵魂人物，而蒂姆则表现出坚韧和善良的品质。两者的搭档不仅推动了剧情发展，也展现了人与宝可梦之间深厚的信任与友谊。在影片高潮部分，二人突破重重障碍，揭露了真相，最终挽救了父亲及城市的安全，故事以温情感人的结局收尾。